Нет проблем с запуском кода Lua на iOS.Единственное, что запрещено Apple, - это выполнение скриптов, которые были загружены из сети.Весь ваш исполняемый код должен быть либо связан с вашим приложением, либо создан пользователем.Например, есть отличная Lua IDE для iPad под названием Codea .
По технической части вашего вопроса см. Lua на iPhone?