Если вы используете формы Windows, лучше всего будет использовать класс WindowsPrincipal. У вас есть доступ к активному каталогу? Что вы пытаетесь обезопасить?
Если ваше приложение просто использует плоский файл для базы данных, все, что вам действительно нужно, это установить ACL для используемого файла, Windows остановит доступ к файлу для любого приложения, а не только для вашего. Или вам нужен удаленный доступ к ресурсам, таким как WCF, SQL, веб-сервисы.
Нам нужна небольшая информация, и мы можем дать вам лучший ответ. Но вместо этого вам определенно лучше не писать никакого кода, кроме проверки группы пользователя или WindowsPrincipal.IsAdministrator, например, в качестве проверки в вашем приложении. Если это тот путь, по которому вы собираетесь идти, то вам нужно рассмотреть UAC в Windows Vista / 7.
Больше информации, пожалуйста: