Всегда лучше использовать менеджер пакетов вашего дистрибутива для установки таких сервисов, как mysql, apache, bind и т. Д. Но бывают случаи, когда вам нужно устанавливать некоторые пакеты вручную.
Например, в CentOS,версия, установленная через yum (менеджер пакетов centos), сейчас 5.3.3, но я предпочитаю запускать более новую версию (5.3.8), поэтому в этом примере я бы скачал и вручную скомпилировал PHP вне менеджера пакетов.Тем не менее, я стараюсь не загрязнять мою систему и всегда устанавливаю собственные флаги PREFIX=/my/custom/path для каждого пакета, который я устанавливаю вручную, это позволяет мне удалять и обновлять, не затрагивая основные системные пакеты.
Я бы такжеПредлагаю вам взглянуть на Percona MySQL .Это пользовательская сборка MySQL, которая повышает производительность и возможности администратора.