git commit -a
автоматически ставит все измененные и удаленные файлы, так что ваш коммит будет отражать эти изменения. Однако он не добавляет автоматически новые файлы, что вам все равно придется делать вручную.
Вы также можете посмотреть на git mv
и git rm
, чтобы сделать вещи более плавно - в том смысле, что они будут действовать при оформлении заказа и ставить результаты, поэтому у вас есть только одна команда для выдачи.