Вероятно, он не может убить процесс.
Откройте скрипт sginvinit nginx, расположенный в /etc/init.d/ (или /etc/rc.d/), и найдите, где nginx.пид считается.Это будет что-то вроде "/var/run/nginx.pid".
Если файл pid отсутствует, откройте nginx.conf и найдите параметр pid.Если это несоответствие - установите значение conf в том месте, где, по мнению сценария, должно быть, например,
# pid of nginx process
pid /var/run/nginx.pid;