Насколько я понимаю, у вас есть такая ситуация:
$ touch foo
$ svn add foo
A foo
$ rm foo
$ svn ci
svn: Commit failed (details follow):
svn: 'foo' is scheduled for addition, but is missing
Итак, чтобы это исправить, сделайте следующее: (спасибо Линус!)
$ svn revert foo
Reverted 'foo'
или вы можете сделать это:
$ touch foo
$ svn delete --force foo
для каждого файла, и вы сможете зарегистрироваться без проблем.