Я сам нашел решение:
Проблема была в том, что я забыл передать переменную md в мое представление.чтобы запустить модуль разметки узлов, нужно выполнить следующее:
заголовок app.js
var md = require("node-markdown").Markdown;
app.js route (передавая переменную md)
...
res.render('template', { vars: { foo: foo_.bar }, md: md, layout: false });
...
template.jade
...
div!= md(note.string)
...