Если вы используете setuptool (setup.py), вы можете использовать требование зависимости: https://stackoverflow.com/a/3481388/496445
В противном случае, как предлагают комментарии, настройте ваш проект django в качестве фактического репозитория git, а затем добавьте githubрепо как подмодуль
cd myProject
git init
git submodule add git://path/to/repo.git local/location/repo
Тогда вы просто сможете перейти в этот подмодуль и git pull
Если вы не хотите настраивать свой проект как git-репо, тогдаС помощью метода грубой силы можно вручную клонировать репозиторий github там, где вы хотите, а затем добавить несколько ручных команд в файл setup.py
import os
os.system("cd path/to/repo && git pull")