Ваша проблема с пулами приложений, в которые вы добавляете свои приложения. .NET 1.1 и .NET 2.0 не могут работать бок о бок в одном AppPool. (Они, конечно, не могут работать в той же папке или виртуальном каталоге).
Самый простой способ справиться с этим - создать AppPool с именем .NET 1.1 и один .NET 2.0.
Когда вы запускаете 'create application', убедитесь, что вы выбрали правильный AppPool для .NET-версии, которую использует приложение.
Это должно устранить любые ошибки при запуске приложения.