Единственное решение, которое я нашел для этой проблемы, состоит в том, чтобы включить все сопоставления в один файл, как вы это сделали. Это неудобно, но я думаю, что это так же хорошо, как и получается. Я читал в другом месте онлайн, что это проблема, с которой сталкивается Кастор в зависимости от того, какой загрузчик классов находится в игре. Он будет искать включенные отображения в папке bin загрузчика классов, что, очевидно, не в том месте. (websphere в моем случае)
Вы можете иметь возможность указать абсолютный путь, т.е.
<include href="file:////C://mapping.xml" />
но я не смог проверить, работает ли это, и, в конечном счете, не будет очень портативным или удобным решением, поскольку оно специфично для среды развертывания.