Вы можете поместить эту библиотеку DLL в каталог, где все веб-приложения, для которых вы хотите, чтобы эта библиотека была распространена, имели права на чтение.
В событии Application_OnStart вы можете динамически загрузить сборку, используя этот код.
Assembly SampleAssembly;
SampleAssembly = Assembly.LoadFrom("c:\\Sample.Assembly.dll");
И вы также можете попробовать разрешить ссылку, используя событие Assembly_Resolve.