У меня тоже была такая проблема, но в моем случае флажки динамически перерисовывались перед загрузкой страницы. Я попробовал обновить:
$("input[type='checkbox']").checkboxradio("refresh");
Но это дало мне ошибку, указав, что checkboxradio не был инициализирован. Однако, когда я попробовал это вместо:
$("input[type='checkbox']").checkboxradio();
Это заставило флажки появляться правильно каждый раз. Я все еще не могу справиться с JQuery Mobile и не могу точно сказать, что происходит, где и почему (я думаю, что я инициализирую флажки?), Но я подумал, что поделюсь в следующий раз, как кто-то, как я, погуглит их путь к этой теме.