После загрузки файла вы можете получить его свойство:
$saved_file_name = $this->upload->data('file_name');
// will give you the filename along with the extension
Если вы хотите получить только расширение файла перед его загрузкой, используйте ядро PHP:
$file_ext = pathinfo($_FILES["file"]["name"], PATHINFO_EXTENSION);
или сделать его чистым
$filename= $_FILES["file"]["name"];
$file_ext = pathinfo($filename,PATHINFO_EXTENSION);