Предпочтительно хранить временные файлы во временных каталогах (как сказал Дэн Ригби )
string directory = System.IO.Path.GetTempPath();
Но если вы все же хотите сохранить временные файлы в каталоге, из которого запущено приложениетогда вы можете просто использовать Application.StartupPath
для приложений WinForms,
string directory = System.Windows.Forms.Application.StartupPath;