По умолчанию ar()
использует оценку Юла-Уокера, а не MLE.
По умолчанию auto.arima()
ограничивает размер модели пятью параметрами.
Существуют и другие различия, нотолько эти два объяснят большинство различий между установленными моделями.
Что лучше, решать вам.Это зависит от применения и предназначения модели.