Хорошо, что NetTcpBinding заключается в том, что он защищен с использованием безопасности транспорта и проверки подлинности Windows по умолчанию. Так что все, что вам нужно сделать, это использовать его. Привязка вашего сервера будет выглядеть примерно так:
<service name="YourServiceNameHere">
<host>
<baseAddresses>
<add baseAddress="net.tcp://machineName/VirtualDirectory/"/>
</baseAddresses>
</host>
<endpoint
address=""
binding="netTcpBinding"
contract="YourServiceContractHere" />
</service>
Вот статья MSDN , которая более глубока. В IIS вам необходимо включить net.tcp и включить аутентификацию Windows.