С 2k05 / 2k08 определенно лучше разделить одну базу данных. У вас есть все преимущества хранения данных, как они есть в нескольких базах данных, при этом вы можете использовать функции одной базы данных, такие как внешние ключи.
При этом вы не должны хранить все в одной базе данных. Логически, когда таблицы групп не подходят друг другу, я обычно разделяю их на собственные базы данных. Например, я не обязательно совмещал бы базу данных системы заказов и базу данных управления сотрудниками. Я полагаю, что для этого могут быть причины, но я уверен, что вы поймете мою мысль о логическом разделении хранилищ данных, где это необходимо.
То, на что вы должны обратить внимание, - это то, насколько взаимодействуют две базы данных. Если существует множество полей, которые объединяют базы данных, я бы сказал, что это, вероятно, хорошая идея. Если это может быть одно или два поля, ссылающиеся на таблицу сотрудников, то это может не стоить делать. Другой вариант, если количество объединений невелико, это дублировать необходимые таблицы в базе данных инвентаризации, особенно если это одна таблица, а две существующие базы данных большие и довольно сложные.