Первый вопрос: Да, вы можете использовать одну или обе библиотеки с CakePHP. Все, что вам нужно, это настроить его в макетах. Посмотрите на эту статью: http://book.cakephp.org/view/1594/Using-a-specific-Javascript-engine.
Примечание. Однако, если вы не используете помощников JSEngine, вы можете использовать практически любую нужную вам библиотеку без ограничений. Вы можете написать свой JS-код в представлении и использовать помощник JS, чтобы захватить его и вывести на макет
Второй вопрос: какой из них предпочтительнее, зависит только от вас. Какой из них вы знаете, как использовать?
Третий вопрос: см. Первый ответ:)
Еще одно примечание! Вы используете устаревшую версию cakePHP. Сама 1.3 была выпущена некоторое время назад и имеет несколько хороших функций над 1.2. Если это новый проект, я рекомендую вам переключиться. Даже cakePHP 2 скоро выйдет.