Механизм рефакторинга содержит различные правила критики кода, которые выявляют ситуации, которые могут быть вызваны описанной вами проблемой, например, «Переменные, на которые нет ссылок», «Служебные методы», «Ссылки на абстрактный класс», «Класс, на который нет ссылок», ...
Механизм рефакторинга может, конечно, также нажимать на обнаруженные методы и удалять неиспользуемый класс из иерархии.