вы поддерживаете ассоциативный массив и хешируете ключ таким образом, чтобы два одинаковых маркера получали одинаковый хеш, что-то вроде идентификатора.
сейчаспомещая маркер на карту, вы проверяете свой ассоциативный массив, если существует запись для этого ключа, если он ничего не делает, вы добавляете ключ и добавляете его на карту.
var markers=[];
function addMarkerToMap(markerId,prop1,prop2)
{
if(!markers[markerId])
{
markers[markerId]=true;
//code to marker to map
}
}