Вы пытаетесь прочитать java.lang.Integer:
final int timer = prefs.getInt("TIME", 86400000);
но вы храните java.lang.Long:
SharedPreferences.Editor editor = prefs.edit();
editor.putLong("TIME",elapsed);
editor.commit();
Подумайте об изменении одного из них, чтобы они совпадали.