Как-то так?
<canvas id="canvas" style="width:100px; height:100px" width="5" height="5"></canvas>
<script>
var canvas = document.getElementById("canvas");
var context = canvas.getContext("2d");
//Background
context.fillStyle = "#000";
context.fillRect(0, 0, canvas.width, canvas.height);
canvas.addEventListener("click", function(e) {
var x = Math.floor(e.x * canvas.width / parseInt(canvas.style.width));
var y = Math.floor(e.y * canvas.height / parseInt(canvas.style.height));
//Zoomed in red 'square'
context.fillStyle = "#F00";
context.fillRect(x, y, 1, 1);
}, true);
</script>
Редактировать: Добавлена функциональность клика
Демо: http://jsfiddle.net/Cmpde/