Я думаю, что единственный способ позволить eclipse автоматически обновлять ваш Java Doc на основании изменений, которые вы сделали в сигнатуре метода, - это внести изменения из собственной функции меню eclipse:
Refactor ---> Change Method Signature
Еслиздесь вы меняете сигнатуру метода, вы автоматически обновляете комментарий JAvadoc, в противном случае вы должны удалить весь комментарий javadoc и воссоздать его, набрав:
/** + <HIT ENTER>