Пара вещей, которые могут быть неправильными:
Используете ли вы файлы .class или .java? java-source-path предназначен для источников , то есть файлов .java. И .java файлы должны быть скомпилированы, прежде чем они могут быть загружены.
Кроме того, java-классы должны быть либо импортированы, либо квалифицированы по полному имени пакета в коде clojure.
Если возможно, и ваш java-код не связан напрямую с вещами clojure, проще всего просто скомпилировать и связать ваши java-файлы в jar-файл, который вы можете добавить в зависимости вашего проекта leiningen.