Если шаблон определен непосредственно в вашем разделе :
myTreeViewControl.ItemTemplate = this.Resources["SomeTemplate"] as DataTemplate;
Если это где-то глубоко в вашем окне, например, в разделе или что-то в этом роде, я думаю, что это сработает:
myTreeViewControl.ItemTemplate = this.FindResource("SomeTemplate") as DataTemplate;
И если это где-то в вашем приложении, я думаю App.FindResource ("SomeTemplate") будет работать.