Назначение фактически обрабатывается так:
push @prefix, {"pre" => $prefix, "exc" => "PC1", "PC2" => "PC"}
Что дает вам хэш с этими ключами.Для этого вам нужна ссылка на массив:
# This creates a copy of @exclude
push @prefix, {"pre" => $prefix, "exc" => [@exclude]}
Или:
# This creates a reference to @exclude. Any modifications to
# $prefix[0]->{exc} are actually modifications to @exclude
push @prefix, {"pre" => $prefix, "exc" => \@exclude}