Make-файлы действительно используются для кроссплатформенной компиляции или работы с другими системами сборки. Когда вы работаете с C #, вы действительно собираетесь собирать только инструменты Microsoft или использовать Mono на другой платформе, так что я не думаю, что вы можете. Однако альтернативой может быть NAnt, в зависимости от того, для чего вы хотите использовать ваш Makefile.