Можно ли поместить файлы GUI в XAP и загрузить их, когда
необходимо
Конечно, вы можете. Я рекомендовал бы прочитать о Prism для получения информации о том, как создавать модульные приложения в WPF. Основная идея заключается в том, чтобы динамически загружать необходимые сборки, ссылаться на их ресурсы и размещать их содержимое на странице. MEF используется для импорта объявлений компонентов / пользовательских элементов управления.
Возможно ли иметь плагин silverlight внутри приложения WPF?
Конечно, вы можете это сделать. Одним из способов является интеграция элемента управления webBrowser на вашу страницу и установка его местоположения в файл XAP, хотя это выглядит излишним.