Это можно сделать только путем редактирования файла hgrc. Вы можете сделать это глобально, только для своей учетной записи или для каждого репо, в зависимости от того, какой файл hgrc вы хотите редактировать.
Вот основной автор комментария Mercurial к аналогичному запросу: http://twitter.com/#!/mpmselenic/status/8392230762
Более серьезно, причина в том, что нет доказуемого безопасного способа, позволяющего программе читать и записывать файл конфигурации, который также может быть прочитан человеком безопасным способом. Это действительно кажется как будто есть, но всегда есть случай, который может вас поймать (повторяющиеся записи?% Включают правила? Незаконно отформатированные для начала). Это все хлопоты и без выгоды.
Обновление
Если вы знаете, что это совершенно новое репо, вы можете легко сделать это из командной строки:
echo -e "[web]\ncontact = $CONTACT" >> $(hg root)/.hg/hgrc
Это становится небезопасным, только если hgrc уже имеет секцию [web] (или две, или одну и две директивы %include, которые могут иметь их).