Описательные таблицы - как создать таблицу, содержащую как числовые, так и категориальные переменные

Question

Я не могу найти действительно интуитивный способ сделать самую основную вещь;создание сводной таблицы с моими базовыми переменными.Лучший метод, который я нашел, в настоящее время использует tapply:

seed(200)
my_stats <- function(x){
    if (is.factor(x)){
        a <- table(x, useNA="no")
        b <- round(a*100/sum(a),2)

        # If binary
        if (length(a) == 2){
            ret <- paste(a[1], " (", b[1], " %)", sep="")
        }
        return(ret)
    }else{
        ret <- mean(x, na.rm=T)
        if (ret < 1){
            ret <- round(ret, 2)
        }else{
            ret <- round(ret)
        }
        return(ret)
    }
}

library(rms)
groups <- factor(sample(c("Group A","Group B"), size=51, replace=T))
a <- 3:53 
b <- rnorm(51)
c <- factor(sample(c("male","female"), size=51, replace=T))

res <- rbind(a=tapply(a, groups, my_stats),
      b=tapply(b, groups, my_stats),
      c=tapply(c, groups, my_stats))
latex(latexTranslate(res))

Res содержит:

> res
  Group A     Group B       
a "28"        "28"          
b "-0.08"     "-0.21"       
c "14 (56 %)" "14 (53.85 %)"

Теперь это работает, но кажется очень сложным и не самым элегантным решением.Я пытался найти способы создания описательных таблиц, но все они сосредоточены на table (), prop.table (), summary () только для одной переменной или переменных того же вида.

Мой вопрос: Есть ли пакет / функция, которая позволяет легко создать красивый латексный стол?Если да, пожалуйста, дайте подсказку, как получить вышеуказанный результат.

Спасибо!

Answer 1

Если вы хотите создать сводную таблицу как с категориальными, так и с непрерывными переменными, вы должны взглянуть на пакет tableone.

Вот пример того, что он может сделать https://rpubs.com/kaz_yos/tableone-vignette. ИВот документация в формате PDF: https://cran.r -project.org / web / packages / tableone / tableone.pdf

Надеюсь, это поможет.

• Майк

Answer 2

Если вы переписываете свою функцию так, чтобы она всегда возвращала строку (иногда она возвращает строку, иногда число, иногда NULL), вы можете вызвать ddply для data.frame, не указывая все столбцы.

f <- function(u) {
  res <- "?" 
  if(is.factor(u) || is.character(u)) {
    u <- table(u, useNA = "no")
    if (length(u) == 0 || sum(u) == 0) { res <- "NA" }
    else { res <- sprintf( "%0.0f%%", 100 * u[1] / sum(u) ) }
  } else {
    u <- mean(u, na.rm=TRUE)
    if(is.na(u)) { res <- "NA" }
    else { res <- sprintf( ifelse( abs(u) < 1, "%0.2f", "%0.0f" ), u ) }
  }
  return( res )
}
# Same function, for data.frames
g <- function(d) do.call( data.frame, lapply(d, f) )

library(plyr)
ddply(data.frame(a,b,c), .(groups), g)

Поскольку вам нужны таблицы LaTeX, вы также можете попробовать следующее, которое не группирует данные, но добавляет гистограммы спарклайна для числовых переменных.

library(Hmisc)
latex(describe(d), file="")

Answer 3

Посмотрите на пакет tables, чтобы сделать это проще.

Answer 4

То, что вы спрашиваете, является немного открытым, так как есть определенная вероятность того, что вы не согласитесь со мной по поводу того, что составляет «красивый LaTeX-стол».

Например, я бы предпочел организовать это по строке, а не по столбцу:

require(plyr)
require(xtable)
dat <- data.frame(a,b,c,groups)
xtable(ddply(dat,.(groups),summarise,a = my_stats(a),
                                     b = my_stats(b),
                                     c = my_stats(c)))


\begin{table}[ht]
\begin{center}
\begin{tabular}{rlrrl}
  \hline
 & groups & a & b & c \\ 
  \hline
1 & Group A & 28.00 & 0.14 & 13 (52 \%) \\ 
  2 & Group B & 28.00 & -0.00 & 13 (50 \%) \\ 
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

И, конечно, многое из этого можно настроить, если вы посмотрите на ?xtable, а также ?print.xtable.