Если вы точно знаете до выполнения, когда вам нужно сделать паузу, просто взгляните на модуль pdb.
Если вы не знаете, я предлагаю вам вставить код, который проверяет наличие определенного файла на каждой итерации и, если он существует, вызывает pdb. Производительность, конечно, пострадает. Затем вы можете создать этот файл, когда хотите сделать паузу.
(существование файла - это произвольное условие, которое легко реализовать. Вы можете выбрать другие.)