Относительно настроек проекта и цели; Я считаю, что причина в том, что один проект может содержать несколько целей, если это необходимо. Обычно это одна из целей, цель для вашего основного приложения.
Таким образом, настройки проекта будут большими общими настройками, которые применяются ко ВСЕМ вашим целям, и я полагаю, что вы сможете настроить их для различных целей, если это необходимо.
Общее руководство, которому я следую, заключается в том, что я всегда устанавливаю сертификаты и профили и т. Д. В настройках проекта, затем перехожу к настройкам цели, чтобы убедиться, что они были применены (иногда они не применяются автоматически); и если нет, повторно примените их там. Это всегда работает для меня без проблем.