Хорошо! Я решил проблему. Оказывается, это была проблема фокуса в конце концов.
Когда модуль Excel выполнил окно WPF, окно Excel все еще было в фокусе. Таким образом, при каждом увеличении фокуса отскочил бы от WPF к совершенству.
Все, что мне нужно было сделать, это изменить исполнение с этого:
MainWindow mainWindow = new MainWindow();
mainWindow.Activate();
mainWindow.Show();
к этому:
MainWindow mainWindow = new MainWindow();
mainWindow.Activate();
mainWindow.ShowDialog();
Спасибо за помощь, ребята!