Если у вас есть существующее php-приложение, то нет смысла переносить его в какую-либо инфраструктуру. Фреймворки помогут вам быстрее разработать проект - он у вас уже есть. На этом этапе добавление фреймворка поверх того, что у вас есть, только сделает ваше приложение более сложным и, скорее всего, более медленным.
Вместо того, чтобы пытаться найти какую-то магическую структуру, вы должны инвестировать в рефакторинг (применять некоторые принципы ООП, такие как SOLID ) и документировать существующий код. Может начать постепенно добавлять несколько юнит-тестов.
P.S. Doctrine - это ORM (1.x реализует activerectord, 2.x - что-то вроде datamapper). ORM предназначены для людей, которые чрезвычайно ленивы, ошибочны или не понимают SQL. Перемещая существующие запросы SQL в код ORM, вы сделаете все это только медленнее. Кроме того, вы столкнетесь с проблемами при переносе сложных запросов. Просто не делай этого.