Ошибка: ошибка в файле (con, "r"): не удается открыть соединение

Question

Я пытаюсь запустить функцию dssp с использованием пакета bio3d в R. Но я получаю ошибку.

library("bio3d")
pdb <- read.pdb("1CRN")
x <- dssp(pdb, exepath="C:/dssp/dssp.exe")

Error in file(con, "r") : cannot open the connection

Любые предложения, пожалуйста.

Answer 1

Для ее решения необходимо исправить параметры функции dssp:

фикс (DSSP)

перепишите следующую строку:

system (вставка (exepath, "dssp -c ", infile, "" , outfile, sep = ""), ignore.stderr = TRUE)

"- i" вместо "- c" и "-o" intead из ""

chears