Вы случайно используете jquery и прототип на одной странице?
Если это так, используйте режим jquery noConflict, в противном случае вы перезаписываете прототипы $ function.
Режим noConflict активируется следующим образом:
<script src="jquery.js"></script>
<script>jQuery.noConflict();</script>
Примечание: при этом переменная знака доллара больше не представляет объект jQuery. Чтобы не переписывать весь код jQuery, вы можете использовать этот маленький трюк для создания области знака доллара для jQuery:
jQuery(function ($) {
// The dollar sign will equal jQuery in this scope
});
// Out here, the dollar sign still equals Prototype