Я использую Dropbox для этого. Ничто не мешает вам одновременно хранить ваши файлы в системе управления версиями и Dropbox. Я обнаружил, что этот подход дает более быстрое время компиляции, чем монтирование сетевой файловой системы (например, с SMB, NFS или sshfs).
Ключом является настройка системы сборки для сборок вне исходного кода.
CMake - это одна система сборки, которая делает это тривиальным:
http://www.cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#What_is_an_.22out-of-source.22_build.3F
Если модификация вашей системы сборки невозможна, одна из возможных альтернатив - поместить все ваши исходные файлы в отдельный каталог, синхронизированный с Dropbox, и просто поставить ссылку на символ в обычном дереве сборки.