Преобразование контекста холста перед рисованием градиента ( пример ):
var c = document.getElementById('mycanvas');
var ctx = c.getContext('2d');
var radgrad = ctx.createRadialGradient(100,100,20,100,100,50);
radgrad.addColorStop(0, '#A7D30C');
radgrad.addColorStop(0.9, '#019F62');
radgrad.addColorStop(1, 'rgba(1,159,98,0)');
ctx.scale(1,0.5);
ctx.fillStyle = radgrad;
ctx.fillRect(50,50,150,150);