Эти два узла имеют два домашних каталога, верно? Таким образом, у вас должно быть два каталога, в которых хранится конфигурация Jackrabbit (repository.xml, если я правильно помню), поэтому вы можете ввести соответствующий идентификатор в каждый отдельный файл.
Если у вас его еще нет, я бы предложил разделить каталоги для обоих серверов.
Между прочим: Конфигурирование кластера обычно выполняется либо для стабильности (например, выжить при сбое сервера), либо для распределения нагрузки. В вашем случае ни один из них не принесет вам пользы - каков ваш вариант использования для настройки кластера на той же машине? Тестирование? Demo