Нет; app.yaml не загружается в каталог вашего приложения по умолчанию. Вы можете сделать ссылку на него с другим именем файла в каталоге проекта, а затем прочитать оттуда, если это действительно необходимо. К каким настройкам вы пытаетесь получить доступ?