У меня была такая же проблема после обновления Eclipse до Indigo во время обновления Ubuntu.
После установки PDT все исходные файлы ".php" открывались в текстовом редакторе (вместо редактора php), что означало, что не использовалась подсветка синтаксиса или автозаполнение (текст был серым).
Исправить -
Окно -> Настройки -> Общие -> Редактор -> Файловые ассоциации
Для записи "* .php" первым был указан текстовый редактор.
Я удалил запись для "* .php" и заново создал ее, phpEditor появляется первым в списке ассоциаций редактора.