У меня были те же предупреждения с Visual Studio 2010 Express Edition и ATL, взятыми из WDK 7.1.Похоже, что библиотеки atl были созданы с другими параметрами, чем ваш проект берет из atlbase.h.Я изменил настройки в atlbase.h
#pragma section("ATL$__a", read, shared) => #pragma section("ATL$__a", read)
#pragma section("ATL$__z", read, shared) => #pragma section("ATL$__z", read)
#pragma section("ATL$__m", read, shared) => #pragma section("ATL$__m", read)
, и предупреждения исчезли.