Приложение пользовательского режима не должно пытаться записывать на диск где-либо, кроме как в профиле пользователя. Это означает, что что-либо в c:\Program Files
должно быть запрещено программой, если только оно не является административной программой (и, следовательно, потребует повышения прав в Win7 / Vista).
Системы Windows XP с пользователями, работающими от имени администратора, вероятно, работают нормально; Но в системах Vista / 7 могут возникать исключения или даже ошибки, которые молча терпят неудачу. (из-за того, что он перенаправляется в пользовательскую копию app.config вместо реальной).
Вместо этого вы должны хранить различные строки подключения в app.config и предоставлять пользователю возможность выбирать из них в своем приложении. Вы можете использовать пользовательские настройки, чтобы сохранить, какая строка использовалась последней.