Я не использую windows, но у вас могут возникнуть проблемы с путевым анализом при отладке с использованием этого метода, то есть eclipse просто выполняет GDB, о котором вы говорите. Затем он передает информацию о пути в этот сеанс GDB, чтобы запустить процесс
вы можете включить вывод консоли gdb и посмотреть, как значения, передаваемые в gdb, выглядят
хороший источник информации
http://wiki.eclipse.org/TM_and_RSE_FAQ#How_can_I_do_Remote_Debugging_with_CDT.3F
Использование предпочтений-> C / C ++ -> Отладка-> Общий поиск источника
возможно, вы сможете настроить преобразователь пути
Этот парень использует xcompiler, но у него есть хорошая информация о настройке в windows
http://www.appinf.com/download/EclipseEmbeddedLinuxPaper.pdf