Если вы не решили проблему, теперь вы можете установить MariaDB 5.5 на Windows.Это полная замена, и многие ошибки MySQL были решены на MariaDB.Однако вам следует проверить журнал изменений MariaDB 5.5 или написать в список рассылки MariaDB, чтобы узнать, была ли устранена ошибка, которая вас затрагивает.(хорошо, если проблема в InnoDB, возможно, она была устранена Percona как в MariaDB, так и в Percona Server) Percona Server работает в Windows, но вы должны скомпилировать и настроить его самостоятельно.И это действительно быстро, но оптимизировано для Linux.Я не думаю, что это правильно для вас.Однако имейте в виду, что если у вас есть проблема с AUTO_INCREMENT, возможно, есть и простой обходной путь.Если вы опишите ошибку, возможно, мы можем вам помочь.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Извините, я не видел ссылку.Но ошибка, с которой вы столкнулись, была устранена в 2010 году.