ОБНОВЛЕНИЕ - ReSharper 2016.1 : эта опция теперь перемещена в Редактирование кода → C # → Стиль кода → Добавить директиву using для самой глубокой области действия
Вы пробовали опцию ReSharper:
Языки → C # → Стиль форматирования → Импорт пространства имен → Добавить с помощью директивы в самую глубокую область действия
Я не уверен, что очистка кода R # будет переупорядочивать существующие для вас.