Получил эту ошибку в xcode 8.0 с git-репозиторием.Хотел разделить код на другой файл - поэтому продублировал файл, добавил его в проект, а затем удалил большую часть кода из исходного файла.В этот момент XCode показал «i» (отсутствующий файл) в навигаторе проекта, но компиляция проекта работает нормально.Однако вы не можете выполнить фиксацию с помощью xcode, так как он покажет «отсутствующий» файл как несуществующий в диалоге фиксации (даже если он явно присутствует, выбирается и редактируется в навигаторе проекта).
ЛегкоИсправление было просто зафиксировать все изменения с помощью sourcetree.В тот момент, когда оно было зафиксировано, все снова работало нормально в xcode.