Я не уверен насчет файлов, отличных от MOC, obj, ui, rcc и исполняемых файлов, но вы можете указать, куда каждый из них будет идти, указав следующее:
Release:DESTDIR = release
Release:OBJECTS_DIR = release/.obj
Release:MOC_DIR = release/.moc
Release:RCC_DIR = release/.rcc
Release:UI_DIR = release/.ui
Debug:DESTDIR = debug
Debug:OBJECTS_DIR = debug/.obj
Debug:MOC_DIR = debug/.moc
Debug:RCC_DIR = debug/.rcc
Debug:UI_DIR = debug/.ui
Если вы хотите установить путь вывода для других сгенерированных файлов, я не знаю, возможно ли это (вам может потребоваться специальный шаг сборки, хотя я могу ошибаться)