Это должно работать ..
1 - написать функцию сброса состояния проверки на стороне клиента:
function CustomValidator_ClientValidation(sender, args) {
args.IsValid= true;
}
2- Установите функцию ClientValidation вашего CustomValidator на эту функцию:
<asp:CustomValidator ID="CustomValidator" runat="server" EnableClientScript="true"
ClientValidationFunction="CustomValidator_ClientValidation" .... >
3- Не забудьте назначить имя вашего поля свойству ControlToValidate.