Самые популярные IDE основаны на Eclipse - либо Zend Studio, сама основанная на плагине PDT, либо Aptana.Для работы MySQL, MySQL Workbench является обязательным.Все они идут со многими инструментами.Существует также широко используемый NetBeans, но я не могу судить об этом, поскольку ни я, ни кто-либо, с кем я работал, не использовали его.
Существует множество инструментов, которые нужно использовать для разработки PHP - от Ant / Phing длясборка заданий, XDebug, PhpUnit для тестирования ... если вы новичок, то Zend Framework является хорошей отправной точкой, он охватывает абсолютно все и является ближайшим эквивалентом PHP для разработки .NET.Некоторые люди находят это немного раздутым и предпочитают делать все с меньшими, подобранными вручную инструментами.